只有雄偉壯麗的建築物,如缺乏穩固健全的組織進行運作,也無法讓林氏宗廟傳承百年,因此與時俱進、順應潮流的營運組織,是確保林氏宗廟運作不墜最堅強的基礎,和最有力的後盾。林氏宗廟創建以來,管理組織經歷數次 變革,足可顯示歷來對於宗廟管理的重視。
  大正 6 年初制訂總理制,到大正 8 年改委員長制及理事長制,再到昭和 10 年以後改管理人制。各階段的管理組織,均分別設有執行部門與監督部門,二者相輔相成,管理組織雖歷經多次改革,由於組織的健全,因此日治時期林氏宗廟的運作相當順暢,對林氏族人的凝聚力發揮很大的作用。林氏宗廟肇建初期,原名為「中部林姓大宗祠」,將建築事務所命名「台灣林姓大宗祠事務所」。訂立管理規定,即《中部林姓大宗祠管理規則、重建章程》,章程中規定,宗祠主要代表人為總理,將林氏宗祠的管理組織正式規定為總理制。據此,宗祠管理組織分為兩部分,第一為地方代表會議(監督機構),第二為事務管理部(執行機構),二者職務相輔相成。
    地方代表會議主要職責為選舉及彈劾事務管理部諸幹部。地方代表員任期為 6 年。事務管理部職責為掌理關於宗祠事務。事務管理部之幹部用投票方式決定。事務管理部幹部任期為 3 年。
    民國 68 年(1979)成立「財團法人台灣台中林氏宗廟」依法規訂定組織既捐助章程,施行董監事制度。設有進主之奉祀人、每一神主限登記一位奉祀人代表,配合董監事任期,每三年分七區召開奉祀人代表大會,分別推選該區信徒,每區以40名為限。再由信徒大會推選出各區董事3名、監事1名,七區合計董事21名組成董事會、監事7名組成監事會。董事會為宗廟運作之規劃與執行機構;監事會監督廟務執行及財務稽查。
 
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